基督教深圳堂于1898年创建于罗湖区，其宗派背景为礼贤会。1949年，重建新堂，地址设于和平路22号。文革期间停止一切活动。

三中全会后宗教信仰自由政策得以落实，1983年收回和平路教产，1984年5月27日重新恢复聚会，成为深圳第一间恢复崇拜的教堂。当时，教堂面积只有120平方米左右，每周中午举行一堂主日礼拜，会众70多人。

由于城市建设的需要，1997年4月，和平路教堂搬迁往松园路租用一工业厂房作为临时聚会，这时会众已增至3500人之多。1998年，政府在福田区梅林花果山边规划了4400平方米（包括绿化带）作新堂建设用地。1999年7月3日举行了奠基典礼， 2001年12月9日新堂投入使用。新堂外观宛若挪亚方舟，建筑面积共8265平方米，主体建筑高28米，十字架高达70米。主堂和副堂一次性可容纳2000多人的聚会。

目前，深圳堂礼拜天有五场崇拜，参加人数约7000多人次。教会礼拜天还有英文团契、生命成长班等；周间有约书亚团契、姊妹团契、迦拿团契等团契活动；共有方舟诗班等九个诗班。教会每年举办二期慕道班，每期都约有500多人受洗归主。另外，深圳堂还是全市第一个在主日开办英语崇拜的堂点。

深圳堂积极参与社会服务，每年都有专业的医疗服务、心理辅导、献血、赈灾、助学等项目。